Le projet de Fadwa Mehdaoui porte sur l’analyse des interactions entre les bactéries et leurs virus, les phages, dans le microbiote à partir de données de métagénomique couplées à des méthodes de bioinformatique et d’apprentissage automatique.

Les données de métagénomique proviennent du projet Sentinelle Nord 3.6 (axe Interactions environnement-santé dans le Nord) ayant échantillonné le microbiote intestinal de jeunes Inuit du Nunavik. Suite à l’identification des bactéries et des phages dans les données de séquençage, son travail consiste à effectuer une analyse exploratoire statistique des interactions entre bactéries et phages, puis une analyse par apprentissage automatique reposant sur des algorithmes interprétables tels que le set covering machine ou les forêts aléatoires. Il est également envisagé de développer un nouveau modèle d’apprentissage automatique pour la prédiction des bactéries hôtes des phages à partir de ces données.

Ce projet pourrait avoir d’importantes retombées pour la compréhension des interactions entre bactéries et phages qui sont très peu connues, mais aussi pour les connaissances sur le microbiote intestinal des Inuits en lien avec leur diète unique.