Le projet de Mariame Gnéré Coulibaly porte sur le développement d’un outil de prédiction des bactéries hôtes des phages par apprentissage automatique (AA). Le premier objectif consiste à développer un outil d’AA pour identifier les paires bactérie-phage à partir des séquences d’espaceurs CRISPR (courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées) retrouvées dans les génomes bactériens, qui sont des fragments de génomes de phages ayant infecté la bactérie. Le deuxième objectif est de développer un outil d'AA pour identifier les paires bactérie-phage à partir des informations sur la séquence et la méthylation (c'est-à-dire l'ajout de groupes méthyles aux nucléotides). Pour les deux premiers objectifs, des algorithmes tels que les réseaux de neurones avec mécanismes d'attention, et des prédicteurs de similarité basés sur des ‘string kernels’, seront développés et testés.

Le troisième objectif est de développer un algorithme multi-vues combinant les deux objectifs précédents, avec une vue pour les informations CRISPR et une seconde vue pour les motifs de méthylation.

Les outils développés auront un fort impact sur la communauté de recherche en microbiologie et en virologie, en étant capables d’identifier de nouvelles paires bactérie-phage à partir d'échantillons de microbiote.